大多数结肠炎患者都有腹泻的症状,粪便中的粘液脓血为炎症渗出，黏膜糜烂及溃疡所致。患者的大便次数及便血的程度可以反映出病情的轻重。轻者每日排便2-4次，便血轻或无；重者可每日排便10次以上，脓血显见，甚至大量便血。
粪便性质与病情的轻重也有密切关系，一般多为糊状，重者呈稀水样，甚者可出现便秘。
腹痛轻症患者可没有腹痛或者仅有轻微的腹部不适，多为左下腹或者下腹部的阵痛，也可以出现涉及全腹部的疼痛。往往有疼痛——便意——便后缓解的规律，常有里急后重的感觉。如果并发中毒性巨结肠或者炎症波及腹膜时，就会出现持续性剧烈腹痛。
发热结肠炎急性期或者急性发作期常常有低度或者中度的发热，重者可以有高热及心动过速，病程发展中还会出现消瘦、衰弱、贫血、水与电解质平衡失调及营养不良的表现。
其他消化道症结肠炎患者多会伴有腹胀表现，严重时可出现食欲缺乏、恶心、呕吐等上消化道症状。
肠外表现结肠炎常有结节性红斑、关节炎、眼色素葡萄膜炎、口腔黏膜溃疡、贫血等免疫状态异常的改变。
慢性结肠炎症状慢性结肠炎容易因为其他因素刺激而反复发作，出现发作和缓解交替出现，部分慢性病人既无急性发作期，也没有大便次数增加或者外观异常，仅有粪便脏含有脓血和粘液。
由于慢性病人病程可数月或者数年，长期消耗可导致病人消瘦、贫血、低热、肝脾肿大等。