法律分析：
农村房屋证丢失办理程序：
1、房屋所有人应持身份证到市房管局填写房产证遗失声明；
2、到房产档案馆查档，出具房产所有权证明；
3、在报纸上发布所有权证遗失声明；
4、6个月后，房管部门发布房屋所有权证无效公告；
5、房屋所有人应当持发布遗失声明和无效公告的原始报纸、身份证和复印件到市房地产交易管理局办理遗失登记发证手续。
法律依据：
《中华人民共和国城市房地产管理法》
第六十一条 以出让或者划拨方式取得土地使用权，应当向县级以上地方人民政府土地管理部门申请登记，经县级以上地方人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府颁发土地使用权证书。
在依法取得的房地产开发用地上建成房屋的，应当凭土地使用权证书向县级以上地方人民政府房产管理部门申请登记，由县级以上地方人民政府房产管理部门核实并颁发房屋所有权证书。
房地产转让或者变更时，应当向县级以上地方人民政府房产管理部门申请房产变更登记，并凭变更后的房屋所有权证书向同级人民政府土地管理部门申请土地使用权变更登记，经同级人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府更换或者更改土地使用权证书。
法律另有规定的，依照有关法律的规定办理。
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